Samarkand werd gesticht in de vijfde eeuw voor Christus en is vermoedelijk de oudste nog bestaande stad in Centraal Azië. Het lag op de belangrijkste handelsroute naar China, de Zijderoute, en kende gedurende lange tijd een grote welvaart. In Arabisch heette de stad Marakanda. De stad was gedurende een aantal eeuwen het economisch, cultureel en intellectueel centrum van Oezbekistan. In de zestiende eeuw werd dit centrum verplaatst naar Bukhara, en veel mensen verlieten de stad na een serie aardbevingen.
De Russen legden de Trans-Kaspische spoorlijn aan, waardoor de stad opnieuw populair werd, en van 1924 tot 1930 werd Samarkand opnieuw de hoofdstad van Oezbekistan. Daarna viel die eer Tashkent te beurt.
Lang daarvoor echter was Samarkand al beroemd en de geliefde verblijfplaats van een aantal heersers. In 1220 lag Samarkand op het spoor van de beroemde Genghis Khan, waarschijnlijk een van 's werelds eerste toeristen. In 1370 besloot de grote Timur Lenk om Samarkand hoofdstad te maken van zijn rijk, en noemde het, met de megalomania die je wel meer ziet bij dit soort veroveraars, "Centrum van het Universum". Het universum reikte van India tot Turkije. Timur's favoriete kleinzoon Ulughbek regeerde ook een kleine veertig jaar over het rijk. Hij was niet zo'n woesteling als zijn grootvader, maar meer een wetenschapper, en hij maakte Samarkand ook tot een intellectueel centrum. Het observatorium van drie etages hoog is door hem gebouwd. Het observatorium werd na zijn dood verwoest maar gelukkig vond men het spoor waarop de sterrenkijker reed weer terug in 1908. Ulughbek ontwierp sterrenkaarten, die in zijn tijd door velen gebruikt werden.

Het Registan, (het woord betekent "zandige plaats"), foto bovenaan de pagina, moet wel de meest bekende en indrukwekkende plaats van Oezbekistan zijn. Ooit was het het centrum van zaken en handel en er werd ook rechtgesproken. Het heeft prachtige tegels in smaragdgroen en diepblauw.
In Timur's tijd was het echt nog een zanderige plek, want Ulughbek bouwde het Registan pas enige tijd later af. Vandaag de dag bestaat het uit drie madrassahs (koranscholen): de Ulughbek Madrassah aan de westkant (1417), de Sher Dor (gebouw met de leeuwen, 1619) madrassah aan de oostkant en de Tillya Kari (met goud bedekt) in het midden. De laatste madrassah werd afgebouwd in 1660. Ulughbek liet de madrassah bouwen die naar hem is genoemd, en hij heeft er zelf lesgegeven.
De andere madrassah's werden gebouwd door Shaybanid Emir Yalangtush. De Shir Dor heeft een dier op de voorkant, dat een leeuw is maar op een tijger lijkt. Leeuw of tijger, het afbeelden van dieren is niet toegestaan in de Islam en het is daarom bijzonder dat deze dieren werden afgebeeld en dat ze er na al die eeuwen nog steeds staan.
Timur werd begraven in de Gur-i Amir. Het ronde dak met de blauwe tegels kun je van veraf zien en het is dan ook een mooi herkenningspunt. Het is een octagonaal mausoleum, afgemaakt in 1404. Ulughbek, en ook andere leden van de familie, liggen hier ook begraven. Op de tombe ligt een stuk jade, meegenomen door Ulughbek in 1425 uit Mongolië en gebroken door Nadir Shah uit Perzië in een poging het stuk te stelen. In het jade kun je lezen "Als ik opsta, zal de wereld trillen". Helaas trilde de wereld al zonder dat Timur opstond, hetgeen leidde tot de gedeeltelijke verwoesting van een van zijn andere gebouwen, de Bibi Khanum Moskee.

De Bibi Khanum Moskee is een van Timur's grootste projecten, gewijd aan zijn belangrijkste (en Chinese) vrouw Bibi (Saray Mulk) Khanum. Vele legenden vertellen over deze moskee, en de meesten gaan over de buitenechtelijke relatie van Bibi met de architect die de moskee bouwde. Blijkbaar was Bibi de belangrijkste vrouw maar Timur niet haar belangrijkste man - en bovendien was hij natuurlijk nooit thuis want voortdurend op pad om zijn slachtingen te implementeren. De architect werd onthoofd nadat de moskee af was - zo gaat dat met vreemdgangers op hoog niveau. De moskee werd grotendeels verwoest in 1897 tijdens een aardbeving - een verlate straf van de goden voor de ontrouwe vrouw. De moskee was echter zo groot, dat hij al vrij snel na de bouw uit elkaar begon te vallen.
Shah-i-zinda (hetgeen betekent "de levende koning") is een lange laan vol met monumenten, de meeste van Timur en zijn afstammelingen. Het is nog steeds een bedevaartplaats, en de pelgrims mengen zich met de toeristen. De pelgrims bezoeken het enige graf dat niet tot Timur's familie behoort, dat van Khusam-ibn-Abbas, van wie gezegd wordt dat hij een neef is van de Profeet Mohammed. Het verhaal gaat dat hij zijn eigen hoofd van zijn schouders nam en dat in Shah-i-zinda verborg, vanwaar de naam "De levende koning".